El germen que mencionas es mas frecuente en vagina que en orina, seria importante chequear que la muestra de orina se tomo sin pegar el envase a los genitales, en todo caso ese germen es sensible a varios antibióticos que se pueden indicar en la mujer embarazada y curarlo antes del parto con lo que no habría problemas para un parto vaginal.
Saludos